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小美超聲高通量聲波基因組剪切儀與 bioruptor非接觸式超聲破碎儀用于全基因組DNA 200-500bp片段化的實驗探究
實驗目的：將全基因組DNA樣品進行200-500bp區間的均一性片段化處理。
實驗儀器及材料：
1.實驗儀器：本次實驗選用三款非接觸打斷儀器如下：小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀、bioruptor-非接觸式超聲破碎儀、小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀。
2.實驗材料：核酸濃度為160 ng/μL的全基因組DNA溶液。
實驗步驟：
1.提前15分鐘將三款儀器的冷水機啟動，設置溫度為4℃。
2.將每個愛思進品牌的1.5 mL EP管加入100 μL 濃度為160 ng/μL的全基因組DNA溶液。
3.將2管裝好樣品的1.5 mL EP 管分別放入三款儀器的適配器當中，其他空余的孔位由加同樣體積水的1.5 mL EP 管補齊。
4.程序設置：溫度4℃，超聲工作時間20s 間隔時間10s，總時長15分鐘和20分鐘，二個梯度對比。
5.程序結束后，取出樣品使用毛細管電泳進行基因組片段化檢測。
實驗結果：
1.小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀
①程序設置：溫度4℃，超聲工作時間20s 間隔時間10s，總時長15分鐘
平均片段大小：310.0 bp
②程序設置：溫度4℃，超聲工作時間20s 間隔10s，總時長20分鐘
平均片段大小：300.1 bp
2.bioruptor-非接觸式超聲破碎儀
①程序設置：溫度4℃，超聲工作時間20s 間隔時間10s，總時長15分鐘
平均片段大小：432.9 bp
②程序設置：溫度4℃，超聲工作時間20s 間隔時間10s，總時長20分鐘
平均片段大小：405.8 bp
3.小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀
①程序設置：溫度4℃，超聲工作時間20s 間隔時間10s，總時長15分鐘
平均片段大小：365.5 bp
②程序設置：溫度4℃，超聲工作時間20s 間隔時間10s，總時長20分鐘
平均片段大小：388.1 bp
4.三款儀器實驗結果匯總
總時長15分鐘 | 總時長20分鐘 | 峰圖趨勢 | |
小美超聲-高通量聲波基因組剪切儀 | 64.7% | 64.3% | 平緩 |
bioruptor-非接觸式超聲破碎儀 | 58.3% | 63.2% | 陡坡 |
小美超聲-聚能式超聲波DNA打斷儀 | 65.4% | 62.2% | 陡坡 |
注：當基因組片段在200-500 bp區間占比越高，峰圖越平緩狀時，說明基因組片段的均一性更好，反之亦然。
在樣品、程序設定等條件相同的情況下，bioruptor的非接觸式超聲破碎儀和小美超聲的聚能式超聲波DNA打斷儀在200-500 bp區間占比分別達到58.3%和65.4%，且二者峰圖呈陡坡狀，表明基因組片段化均一性差。
小美超聲的高通量聲波基因組剪切儀在200-500 bp區間占比達到64.7%，峰圖呈平緩狀，表明基因組片段均一性更好。
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